Per azzerare le options di una select con javascript è sufficiente impostare il length a zero o a uno se si desidera lasciare la prima option vuota.
<form name="foo">
<select name="sel">
<option value="0"></option>
<option value="1">1</option>
<option value="2">2</option>
<option value="3">3</option>
<option value="4">4</option>
</select>
</form>
<script type="text/javascript">
document.foo.sel.options.length = 0;
</script>
